با توجه به حکم مقرر در قسمت اخیر جزء ۴-۲ بند ث تبصره ۱۵ قانون بودجه سال ۱۴۰۳، مالیات قراردادهای پژوهشی مشمول حکم تبصره ۲ ماده ۸۶ قانون مالیات های مستقیم می باشد.
بر همین اساس مالیات بر درآمد حقوق پرداختی بابت قراردادهای پژوهشی و تحقیقاتی توسط اشخاص موردنظر ( دانشگاه ها، مراکز و موسسات آموزش عالی، پژوهشی و فناوری که دارای مجوز از شورای گسترش آموزش عالی وزارتخانه های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و سایر موسسات آموزشی و پژوهشی قانونی دارای مجوز رسمی از وزارتخانه های مذکور ) به اشخاص حقیقی (حقوق بگیر) مشمول مالیات مقطوع به نرخ ۵ درصد می باشد.